Imposible ripear video 3D con MakeMkv

Buenas a todos. Por recomendación de varios usuarios del foro, utilizo la aplicación MakeMkv para ripear BluRays a formato .mkv. Me gusta porque es muy sencilla, con un par de clics ripeas fácilmente. Cuando tengo que ripear películas en 2D me va perfecto (no me da ningún mensaje), el problema lo tengo cuando trato de ripear en 3D. La fuentes suelen ser en formato .iso que al tratar de abrirlo me lanza el siguiente mensaje de fallo

Parece que AnyDVD se encuentra activado. MakeMKV debería procesar discos con las protecciones más sofisticadas sin necesidad de un software de desencriptación de terceros. Además, MakeMKV funciona de manera más rápida y confiable cuando desencripta los datos por sí mismo. Se recomienda desactivar AnyDVD y reiniciar la aplicación.

¿Desea continuar de todos modos? (podría haber errores)

y luego ma da aelegir Sí y continua, o No y no carga la imagen.
Si selecciono "Sí" abre el disco con toda normalidad, muestra todas las pistas de audio y vídeo con los diferentes menús, le doy orden de ripear lo que me interese y siempre me ripea en 2D, a pesar de seleccionar la pista de vídeo en 3D.
Hay dos cosas que me mosquean de este asunto, la primera que no me ripee en 3D y la segunda que haga referencia a AnyDVD que según tengo entendido es una aplicación de windows, cuando estoy usándolo natívamente en Kubuntu 12.04LTS 64bits, sin virtualbox o algo parecido.
Gracias por adelantado por vuestras respuestas. 1 saludo.