bueno amigo. antes que nada bienvenido al mundo linux y a kubuntu (=
por otro lado. tengo que decirte que el tema se trato 1000000 de veces en el foro y por todo google encontraras informacion.
no obstante te voy a pasar un poco de info.

al tener 2 discos duros, vas a tener algun q otro problema. ya que no tienes mucha idea de lo que estas tocando.
cuando la maquina inicia, el setup lee en el primer disco duro en busca de un MBR (master boot record) o sector maestro de booteo.
en este sector del disco duro. le estamos indicando a la maquina en donde buscar un sistema operativo para poder iniciar.
si tenemos un solo disco duro, lo particionamos, ponemos los SO en distintas particiones y listo, el MBR es uno solo. y en este MBR se encontrara instalado el grub, el cual reconocera windows y linux.
por ende la pc arrancara y el grub le indicara a la pc que puede iniciar windows en la particion 0,0 o linux en la particion 0,x)

al tener 2 discos duros puedes tener un drama.
la maquina solo leera 1 MBR. si solo lee el de windows. vas a tener linux instalado y la maquina nunca se va a enterar.
si lee el de linux, tienes que indicarle a dicho grub que linux se encuentra en el disco (1,0)
el par ordenado ese, indica (disco duro, particion) (0,0) es disco duro 1 particion 1
(1,0) indica disco duro 2 particion 1. (esto es para que no te marees)

por ende, si tienes 2 discos duros, y no tienes experiencia, te aconsejo lo siguiente.
en el mismo disco donde esta windows, realiza una particion en blanco para liunx.
una vez echo esto. desconecta el otro disco duro e instala linux.
una vez terminada la instalacion, lo vuelves a conectar y listo.

la otra opcion es instalar un SO en cada disco (lo caul es mejor) pero tendras que indicar en la bios que disco duro va primero y cual segundo.
en este caso, tendras que indicar que el disco duro de linux es el primero y despues el de windows.
al indicar esto puede ser q el grub no reconozca windows. de ser asi. tendras que editar el grub e indicarle que tienes un windows en tal particion. en tonces en el proximo reinicio, aparecera el grub.
el mismo ya sabra que en tal particion esta linux y tal otra estra windows.
con lo que podras entrar en ambos SO.
si el grub no te reconoce windows y a su vez lo editas y sigue sin entrar, es porque tienes mal editada la particion donde esta windows. (le estas indicando al grub que busque a windows en un disco/particion que no existe)
tambien cuentas con una herramienta que se llama
super grub disk.
la cual te puede ayudar con todo este royo.
un saludo.

PD: lo peor que te puede pasar es que instales linux en la otra particion y que este indicado el disco de windows como principal, por lo cual linux estara instalado pero no podras entrar a el....
PD2: no te aconsejo usar WABI o como se llame esa porqueria para instalar linux desde windows.

Perdón, he estado unos días fuera de casa y no he podido responder. Lo primero de todo muchas gracias pola por toda esa información. Tenía algunas cosas de esas medio claras pero ahora ya lo tengo todo más claro. Mi principal duda era por qué se había instalado windows en una partición del primer disco cuando yo le había dicho que lo hiciese en el segundo. Puede que este no fuese el mejor sitio para preguntarlo pero ahora ya está claro.

Lo que intentaré será seguir como yo quería, instalando un SO en cada disco duro. Supongo que para eso tendré que hacer que la bios vea que el segundo disco duro (el de windows) es el primero para que no me toque nada del primer disco duro.

Pues eso, muchísimas gracias de nuevo pola!

en realidad da lo mismo con disco inicie la pc. siempre y cuando en ese disco este el grub, y si hace falta editar el grub a mano para que "encuentre" el otro disco se hace. no es para nada complejo el tema.
no le tengas miedo y metele mano... (=

Ya ya, lo que pasa es que creo que windows tiene la manía de tener que estar instalado en el primer disco duro, porque si no no entiendo porque al poner que se instalase en el segundo necesitaba una partición "de sistema" en el primero...¿? por eso lo digo.

Por supuesto después grup iría en el primer disco, en el de windows. No sé si me explico :p

No se porque tanto complique... yo instale windows en un disco y linux en otro y la verdad no me dio problemas....

claro que si amigo. asi debe ser. pero parece que la BIOS de el, esta interpretando mal el orden de los discos (es algo muy comun)
por eso todo el merengue este.
de todas formas no es nada que no se pueda solucionar.

despues contanos como te fue con todo esto!!!

Mi experiencia:

Uno en cada disco.
Windows en el primer disco, el que arranca primero. Dicho de otro modo: si ya tienes win en ese disco, ni lo muevas.
No lo he hecho nunca, así que experiencia no tengo, pero por lo que he leído, el problema de modificar las particiones Win (cambiar el tamaño) es la fragmentación de archivos. ASí que si no es necesario, yo no tocaría la partición de win.

Linux en el otro.
En tres particiones, al menos: / (sistema), /home/ (datos de los usuarios) y swap (memoria de intercambio que usa Linux) En uno de los posts que referencio más abajo, explico el porqué de tres particiones.

Más info en estos dos posts que contesté (aunque parezca que no va de eso...):

• http://www.kubuntu-es.org/foro/200810/grub-pantalla-como-dos

• http://www.kubuntu-es.org/foro/200810/tengo-windows-xp-como-instalar-kub...

Y coincido con Pola: información sobre esto hay mucha.

Más de mis experiencias:

Con una instalación de este tipo, Win en un disco, Linux en otro, si los dos discos son del mismo tipo, no he tenido problemas:
En este momento tengo Windows Xp en el primer disco SATA (sda) y Kubuntu 8.04 en el segundo SATA (sdb).
En otro más viejo, igual, solo que los dos discos son IDE (hda para Win98 y hdb para Kubuntu 6.06 por ahora)

Sí he tenido problemillas (en uno de los post lo refiero) al instalar en distintos tipos de disco:
Win en un SATA (sda) y Kubuntu en un IDE (hda). También comento ahí lo que hice para arreglarlo.

Saludos.

asi es amigo. cuando tienes un sata y un ide salta la bronca casi con seguridad.
pero al tener 2 sata, muchas placas madres no interpretan bien que disco es cual.
y te hacen un merengue con los MBR. y te encontras que inicia win derechito o linux.
pero info hay por todos lados....
saludos