Hola a todos le escribo, ya que he leido a leogagliardi, el cual tuvo problemas con resuluciones cuando cambio de distro ubuntu a kubuntu.
Creo que la mayoria sabe como tener el home aparte,
primeramente crear por lo menos 3 pariticiones
Ejemplo
Partición 1:/
Partición 2:/Home
Partición 3: Swap

Ahora viene un consejo para los que obviamente no lo sepan, cuando tengan el home aparte, tienen que tener en claro que todas las configuraciónes que ustedes hagan quedan en carpetas ocultas en el home(.Nombre de Carpeta), por lo cual antes de instalar otra distro o volver a reinstalar el mismo S.O. tienen que marcar mostrar archivos ocultos, para que los muestren y sean borrados, de esta forma la instalación que se haga va a quedar limpia y sin confrictos de versiones.o problemas que podrías heredar.

Por esto también recomiendo es que si quieren la partición que creen no necesariamente la conviertan en el Home, si no mas bien en una carpeta dentro de este. me explico, em mi caso Yo a mi partición mas grande le puse el nombre de archivos, y que su punto de montaje sea dentro del home.
Ejemplo mi caso, cuando instale kubuntu, lo reintale, cambie de distro, etc.
pero explicando en kubuntu, cuando llegamos a las particiones si lo hacemos manual, aparece el preparar particiones y en ese entonce escribo
Device Type Mount Point
sda1 ext3 /
sda2 ext3 /home/endica/archivos
sda3 swap
donde le digo a S.O. que quiero mi partición archivos, quede dentro de mi cuenta endica, que va a estar en el home.
Ahora se pregunta para que tanta vueltas, bien es por lo mismo, ya que tu partición/carpeta, no se grabarián las carpeta ocultas del home,por lo que cuando reistalaras el sistema o lo cambiaras no tendriás que borrar los archivos ocultos del Home que te pudiera causar algún confricto y no tendrias que formatear por alguna circunstacia tu partición personal.
saludos