Escuché por ahi que el GNU C (http://gcc.gnu.org) es un buen compilador de C en linux, si algo asi es lo que buscas, por las referencias que he tenido, te lo recomiendo.
Saludos.

Pero lo que necesito es programar en c# ya que como lo dije es por la escuela. Lo mas logico seria que lo hiciera en windows pero quiero probar si existe alguna alternativa en linux como la hay para windows con el #develop

No sé si te valdrá,pero he leido que hay un programa que se llama Eclipse (http://www.eclipse.org/downloads) o otro que se llama GTK(http://www.chavalina.net/comentar.php?idpost=105) o (gcc.gnu.org), en estas páginas puedes tener más información sobre estos programas.
Espero que te sirvan para algo.

Para programar en C# lo mejor es mono de hecho genera .exe y todo, hechale un vistazo.

De verdad que no te recomiendo usar mono, para luego entregar un trabajo que en principio deberia funcionar en windows, si es para estudios te recomiendo instalarte un virtualbox y dentro de este windows+ la plataforma original de desarrollo de C#

Ten en cuenta que no van a mirar codigo, en principio, si el software que generas no funciona donde ellos lo vayan a probar (windows), la practica directamente te la suspenden.

Es un consejo, aunque si te sobra tiempo luego podrias probar tu desarrollo en mono, a ver si tira, pero vamos mi consejo es que uses por el momento, el mismo software que lo que van a usar ellos de programación, incluso hablando de java y la sun jvm misma version (he encontrado diferencias en el comportamiento de las awt y swing (sobre todo en esta ultima, entre win y linux).

Con Java en principio no tienes que tener problemas Tigreci con Swing ya que se hizo para ese cometido poder portalo donde quieras Win, Linux o Mac y el "comportamiento" que no la visualización es la misma. AWT si funciona de una forma u otra dependiendo del sistema operativo, pero eso es sabido, pero Swing yo al menos no he tenido problemas, aún.

¿Cuáles has tenido tú?.

Un saludo.

PD: Ah que se me olvidaba, yo como bien ha dicho tigreci te recomendaría hacer lo que ha dicho nuestro compañero o hacerlo directamente desde potowindows, ya que tienes que tener en cuenta, que c# es un lenguaje de programación propio de Microsoft.

Puesto que en C++ ya hay bastantes problemas de compatibilidad, supongo que programar en C# y esperar a que funcione en Windows siendo programado y testeado en linux, lo más seguro es que tenga problemas, y como han dicho ahí arriba, la mayoría de los profesores no van a comprobar el código, si va apruebas y si no suspendes.

Si quieres usar linux, podrías empezar a programarlo con MonoDevelop, pero la parte de depuración te recomendaría que la hicieses en Windows directamente.